Dans le cadre de ses missions régionales, le Gouverneur assure aussi un contrôle administratif de la légalité d'une part des décisions des Conseils de Fabrique d'église situés sur le territoire de la province de Liège.
Le Gouverneur contrôle en effet la légalité de (cf. article L3161-4 CDLD) :
- l'attribution des marchés publics passés par les Fabriques d'église ;
- les opérations patrimoniales (achat, vente, location de plus de 9 ans,…) dont le montant excède 10.000 euros ;
- l'acceptation d'un don ou d'un leg par une Fabrique d'église ;
- la construction d'un immeuble à affecter à l'exercice du culte ou au logement d'un desservant ;
- les passations de clerc à maître (changement de trésorier).
Par ailleurs, le Gouverneur exerce une tutelle générale d'annulation à l'encontre des décisions, ayant un impact financier non repris au budget, adoptées par les Conseils des Fabriques d'église situés en province de Liège suite à la réception d'un recours introduit par un Collège communal (article L 3161-5 CDLD).
Le Gouverneur dispose également d'une tutelle d'approbation sur les budgets et comptes des fabriques d'église pluricommunales (dépendant de plusieurs communes) en cas d'avis défavorable d'une des communes concernées (article L 3162-2 §3 CDLD).
Le Gouverneur statue sur les litiges entre une fabrique d'église/le représentant du culte et le Conseil communal en cas de non approbation ou de non approbation partielle d'un document budgétaire ou comptable par les autorités communales.
Enfin, le Gouverneur dispose d'une tutelle générale d'annulation sur les actes par lesquels un établissement visé à l'article L3111-1, §1er, 7°, et financé au niveau communal, viole la loi ou blesse l'intérêt général.
